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本籌備處置主任、副主任、簡任秘書各一人,設各組、室,分別掌理有關業務。各單位主要職掌及本館組織系統表如下:

本處下分為園區規劃及運轉維護組、研究典藏處、展覽教育及公共服務組、主計機構及人事機構


園區規劃及運轉維護組
一、國家鐵道博物館籌設之總體規劃。
二、國家鐵道博物館工程之規劃設計與專業設施之採購及監督。
三、典藏車輛、園區內軌道、機械設備之保養、維護及運轉。
四、動態車輛展示體驗設施之規劃、採購、維護及運轉。
五、其他有關園區規劃及運轉維護事項。
研究典藏組
一、鐵道技術與文化相關文物、史料之蒐集、研究、典藏、保存及修護。
二、藏品之管理、應用及開放。
三、相關圖書與數位資源之徵集、蒐購、管理及開放。
四、其他有關研究典藏事項。
展覽教育及公共服務組
一、常設展與特展主題之策劃及設置。
二、教育推廣與公共服務活動之策劃及執行。
三、館際交流與公關活動之策劃及執行。
四、鐵道相關刊物及出版品之編印。
五、志工招募、導覽培訓、教育訓練與管理之規劃及執行。
六、其他有關展覽教育及公共服務事項。
行政室
一、秘書、總務、研考、法制。
二、園區安全維護之管理。
三、其他支援服務事項。
主計機構
主計員由文化部主計處派員兼任,依法辦理歲計、會計及統計事項。
人事機構
人事管理員由文化部人事處派員兼任,依法辦理人事事項。